部分食品其屬性決定了只有在食品生產加工小作坊才能加工而成，才能保持其*的風味，比如甜酒、酸菜、臭豆腐、腐乳等特色食品。某些傳統的小作坊食品若采用現代企業工業化生產線加工，其口感、質地都會發生變化，反而失去了傳統食品*的風味和意義，所以在科學技術高速發展的今天，“傳統工藝”、“純手工制作”、“土法壓榨”等宣傳詞仍舊是吸引消費者眼球的一大亮點。
　　
　　我國的食品安全法律制度并不完善，目前還有部分無國家標準或行業標準的食品（尤其是半成品）未明確納入生產許可的范圍，讓生產者、經營者、消費者無所適從。農村集市或墟場式的集貿市場仍處在一種比較寬松的管理狀態，經營無證食品的現象還大量存在，這使得食品小作坊的無證產品有了生存的空間。
　　
　　食品生產、經驗者的食品安全意識薄弱，是小作坊食品存在安全隱患的根本原因，提高小作坊食品質量水平首先須從根本上提高食品生產、經驗者的食品安全意識。另一方面，消費者食品安全意識的薄弱為小作坊產品提供了存在的空間，是“黑作坊”、“問題產品”滋養的沃土。
　　
　　食品安全關系到廣大人民群眾的身體健康和生命安全，隨著社會的不斷變遷，食品小作坊得到了快速發展，品種日益豐富，但其數量多、規模小、分布散、條件差等問題也逐漸凸現出來，成為現階段食品安全監管工作的重點、難點問題。
　　
　　物料管理方面，食品小作坊購進物料隨意性大。食品小作坊普遍沒有相對固定的物料供應商，購進原輔料、包裝材料前也沒有進行質量評估和風險評估的意識，許多是需要即買，這家沒有那家買、哪家便宜買哪家。原輔料、包裝材料的購進后也沒有建立賬冊，出了問題極難追蹤。食品小作坊的原輔料區和中間品普遍隨意堆垛，有的無貨架依地靠墻堆放，有的新貨舊貨、固體液體一起放，沒有標識牌和貨位卡。食品小作坊對物料往往疏忽管理，常出現蟲咬鼠害、發霉過期變質的情況。
　　
　　質量管理情況方面，食品小作坊物料及產品未進行檢驗。食品小作坊普遍沒有專業技術人才和檢驗檢測設備，對物料及產品無法進行檢驗檢測，產品質量難以保證。在市場上抽檢到食品小作坊產品，許多出現重金屬、農殘和衛生學等項目超標的情況，部分還發現添加有藥物或其他非食用化學物質。